El nombre de Guadalix tiene su orígen en el vocablo árabe 'río de los alisos'.

El municipio se formó con la repoblación de gente de Segovia en tiempos de Alfonso X. Desde el siglo XIV hasta el XIX perteneció a Manzanares el Real, siendo su principal medio de subsistencia la lana.

La construcción del embalse anegó la ermita de la Virgen del Espinar, centro de gran devoción cuya imagen se encuentra hoy día en la ermita nueva.

La Iglesia de San Juan Bautista, del siglo XVI. Posee un torreón gótico de tres cuerpos y una bella portada perteneciente al gótico isabelino. Hace poco más de treinta años Guadalix era un pequeño pueblecito de la sierra madrileña. Desde entonces han proliferado los chalets y viviendas unifamiliares.

El antiguo centro de Guadalix que rodea a la iglesia de San Juan Bautista todavía conserva cierto encanto. Uno de los principales atractivos de Guadalix es la cercanía al embalse artificial de Pedrezuela, inaugurado en 1967.

El origen de la villa de Guadalix  no está claro, aunque por el significado etimológico de su nombre, valle o río de los alisos, puede ser árabe.
         En la vega de Guadalix, actualmente anegada por el embalse , se encontraron restos que pueden datar del paleolítico superior. En la cueva de los Alcores se encontraron restos que datan del Auriñaciense (25000 años), apareciendo en ella diferentes industrias líticas .
         Los restos también sugieren que en la vega y sus alrededores hubo poblados de la época del bronce, del hierro y de época romana. En 1992  un grupo de arqueólogos sacaba a la luz del día una serie de tumbas labradas en la piedra . Estas tumbas aparecieron en el Montecillo y hay quién las data de la época visigoda, aunque es muy difícil confirmarlo ya que no aparece ningún tipo de ajuar en los enterramientos.  Esto podría unirse  a lo que afirman algunas leyendas : que en el cerro de San pedro, en  su ladera norte, existió un antiguo monasterio probablemente de origen visigodo.

Sin embargo, los primeros datos escritos se recogen en el Catastro de Ensenada .Las familias que se nombran en este catastro eran descendientes de los repobladores que por orden de Alfonso X El Sabio , en 1268, vinieron desde Segovia a repoblar ésta y otras villas aledañas. Por ello , la zona quedó bajo el dominio directo de la Corona, siendo esos pueblos, por tanto , de realengo.
        Ese estatuto jurídico se mantuvo hasta el año 1385, cuando el rey Juan concedió el señorío, vasallaje y jurisdicción de las villas de Hita y Buitrago a su fiel partidario don Pedro gonzález de Mendoza, vinculadas al mayorazgo que se denominaría Real del Manzanares (real por haber sido antes patrimonio de la corona), inicio de lo que luego sería el patrimonio de los Duques del Infantado en la provincia de Guadalajara . En esa donación y recogida en quinto lugar , aparece la villa de Guadalix de la Sierra.

         Ya en el siglo XVI y tras la donación hecha a favor de Don Íñigo L´jopez de Mendoza, Conde del Real de Manzanares y de todas estas tierras vinculadas a la Casa, pasaron posteriormente a Don Pedro Hurtado de Mendoza, que tras su muerte se dividieron sus dominios y tras un largo y complicado pleito por los derechos de mayorazgo entre sus herederos , pasó la pertenencia del Real de Manzanares a uno de sus hijos.
          De aquella época es la obligación y carga impuesta a los Campos de Placer de Ver de la villa de Guadalix (hoy llamados "La Rotura") de enviar las rentas que produjeran al Hospital erigido en Buitrago, para los gastos de conservación y funcionamiento.
           Durante el señorío de aquella ilustre Casa se mandó construir allá por los años de 1580 a 1600 un hospital en la misma, situado en la calle que aún conserva su nombre.
            En el siglo XVIII se mantienen los derechos de aprovechamiento colectivo de pastos, pámpanas y rastrojeras del Real de Manzanares.

             Nada se sabe de la evolución de la villa en los siglos siguientes hasta la realización del Catastro de Ensenada, ya que, desgraciadamente , la injuria de los tiempos no ha permitido que se conservara documentación municipal alguna. Sí sabemos que en 1591 su población ascendía a 239 vecinos, según el Censo de Tomás González, y que más tarde, ya a mediados del siglo XIX , según el Diccionario de Madoz, 982 habitantes, que componen 203 familias.
             En 1952 se rueda en Guadalix la película de Berlanga "Bienvenido Mr Marshall" , en la cual participaron como extras gran parte de sus habitantes.
             Y por razones ajenas a sus habitantes en el 2001  fuímos conocidos en toda España por la realización de un concurso de televisión en nuestro pueblo.